Al llegar a la fortaleza, Hernando decide mandar una expedición de flanqueo al mando de un capitán. Luego se dirige al pie de la fortaleza, con intención de capturar al monarca inca. Se desata el combate con una carga frontal hacia los andenes del lugar, siendo repelido por una enorme cantidad de cusqueños. La batalla se tornaba más sangrienta y la lucha era heroica en ambos bandos.
Mientras más dura se tornaba la lucha, Hernando Pizarro recibió noticias de que la tropa que había enviado para flanqueo resultó vencida por los soldados incas. Para empeorar la situación, un grupo de soldados había pasado inadvertido por los españoles y los atacó desde un flanco. La victoria cuzqueña empezaba a tomar forma y el comando español dispuso una retirada pronta antes del anochecer. Manco Inca descubrió el plan de huída Hernando y mandó que se sacara al río de su lecho, con fin de inundar la tierra de tal forma que los españoles no pudieran usar bien su temida caballería.
El plan de Hernando era retirar a su ejército en orden, pero las medidas tomadas por el comando cuzqueño hicieron que los españoles cayeran en la desesperación, por lo que huyeron despavoridos del campo de batalla, olvidandose de sus aliados en el camino, quienes fueron siendo eliminados por los soldados cuzqueños que los perseguían. La victoria había sido tan contundente que, al día siguiente, un grupo de cuzqueños que había ido a perseguir a los españoles que huían, encontraron el campamento español completamente abandonado. Dice la crónica de Titu Cusi Yupanqui que los cuzqueños rieron ruidosamente por la forma en que los españoles habían huido de miedo.







